Budowa:
1409-11.
Pierwotny kościół był budowlą jednonawową, wzniesioną z fundacji Anny Danuty Kiejstutówny i Janusza Starszego, książąt mazowieckich. Konsekrowany w 1411 r przez biskupa poznańskiego Wojciecha Jastrzębca.
Przebudowy, odbudowy:
Około 1492-97 rozbudowany do formy bazyliki, sumptem Bolesława V, księcia warszawskiego i zakroczymskiego. Podwyższono nawę główną i dobudowano nawy boczne.
W drugiej połowie XVI wieku wzniesiono wolnostojącą wieżę przy południowej elewacji kościoła (w bramie przejazdowej pod wieżą wyryta jest data 1581, przyjmowana za datę ukończenia budowy wieży).
W 1561 odlewnik Starej Warszawy Mateusz Mrugawka, wykonał dzwon dla kościoła NNMP.
Spalony w 1656 w czasie szwedzkiego najazdu. Odbudowany około 1690 z dotacji mieszczan nowomiejskich. Przy okazji odbudowy barokizowany. Wykonano nowe sklepienia naw bocznych oraz ozdobiono fasadę.
W latach 1709-34 wzniesiono kaplicę Matki Boskiej Szkaplerzowej (na przedłużeniu nawy północnej) a w 1726 ukończono przeciwległą kaplicę św. Barbary, ufundowaną przez mieszczańską rodzinę Głębockich.
W 1750 po pożarze odbudowany.
W 1781 kościół (z wyjątkiem fasady) został otynkowany, przed 1818 do fasady została dobudowana kruchta.
W latach 1821-29 poddany restauracji wykonanej przez architekta Józefa Borettiego (prawdopodobnie przy udziale Hilarego Szpilowskiego).
Kolejnych przekształceń dokonał architekt Alfons Kropiwnicki, który najpierw w latach 1840-41 przebudował kruchtę w stylu neogotyckim i wzniósł nową sygnaturkę na dachu kościoła, a w latach 1851-55 przeprowadził gruntowną przebudowę wnętrz: filarów, sklepień, okien, modernizowanych w duchu gotyku angielskiego.
W latach 1883-90, architekt Feliks Walery Zygadlewicz, rozebrał szkarpy przy fasadzie i nadał jej neoromański charakter, a także nadbudował mury kaplic i obniżył dach nad prezbiterium.
Restauracja:
W latach 1906-15.
W związku z 500-leciem wystawienia kościoła, członkowie TOnZP, architekci: Teofil Wiśniowski i Stefan Kozłowski, próbowali przywrócił kościołowi cechy gotyckie. W prezbiterium odtworzono dawne sklepienia i okna oraz podwyższono dach, nadmurowano też schodkowy szczyt wschodni oraz zbito zewnętrzne tynki.
W 1936 r architekt Konstanty Jakimowicz dokonał przeróbki fasady, usuwając neoromańską dekorację i wieńcząc ją schodkowym szczytem.
Zniszczony:
w 1939 uszkodzony, a w 1944 w znacznej części zburzony.
Odbudowa:
połączoną z kolejną próbą regotyzacji została przeprowadzona w latach 1947-57 według projektu Beaty Trylińskiej i Haliny Kosmólskiej.
Na terenie posesji kościelnej znajdują się także: parafia oraz budynek gospodarczy (?).
